Nate Adams, nasz bohater, jest zwykłym piątoklasistą. Jak każde dziecko w jego wieku kompletnie pochłaniają go zabawki – od kart i modeli po rzeczy, które kupuje w okolicznych maszynach.
Pewnego letniego dnia, Nate znajduje w lesie dziwną maszynę. Wkłada do niej monetę i otwiera kapsułkę, która z niej wypadła – odkrywa, że był w niej zamknięty Yo-kai imieniem „Whisper”! Ten duszek wyglądający jak wielka, latająca twarz jest zarazem uroczy, i odrobinę straszny.
Nate wzywa swoich przyjaciół Yo-kai by pomagały mu w rozwiązywaniu codziennych problemów, jak również by razem stawiać czoła złym duchom, które pojawiły się z mieście.